Будет ли правильным шагом для дизайн-студии регистрировать все создаваемые ею сайты?

Данный шаг является добровольным волеизъявлением автора, если Вы считает, что Ваши права могут быть нарушены третьими лицами (н-р: недобросовестным заказчиком), то депонировать, созданные произведения было бы вполне нужным действием.